Жаркие и влажные низменности Карибского побережья и прилежащие склоны гор раньше были покрыты густыми тропическими дождевыми лесами из вечнозеленых пород, которые в настоящее время частично уничтожены. Выше в горах, где температуры ниже, произрастают леса из дуба и сосны. В более засушливых внутренних областях, включая район Тегусигальпы и территории к югу и востоку, когда-то покрытая лесами местность сейчас занята травянистой саванной и низкорослыми редколесьями.
Как и в других странах Центральной Америки, в лесах Гондураса встречается ряд ценных пород деревьев. Особенно много их произрастает на обширной почти непроходимой низменности Москитового берега и на склонах близлежащих гор. В прошлом эта территория, как и архипелаг Ислас-де-ла-Баия у северного побережья Гондураса, находились под контролем англичан, которые интенсивно вырубали лес. В целом Гондурас отличается необычайным богатством видов растений, включая исключительно редкие и красивые виды эпифитов, поселяющихся на деревьях.

По всей территории Гондураса обитает множество диких животных, уцелевших благодаря относительно слабой заселенности этого горного края, тропический климат которого не слишком комфортен для человека. Здесь встречаются как обычные для Центральной Америки, так и редкие виды: медведи, различные виды оленей, обезьяны, дикие свиньи и пекари, тапиры, барсуки, койоты, волки, лисы, ягуары, пумы, рыси, оцелоты, редкая черная пантера и много других, более мелких кошачьих, аллигаторы, крокодилы, игуаны и змеи, в том числе ядовитые (к числу последних относятся смертельно опасные кайсака и каскавела), а также муравьеды, коати, ленивцы, броненосцы и кинкажу. Богатая орнитофауна включает дикую индейку, фазана, попугаев, в том числе ара, цаплю, тукана и множество других видов.